Jonathan Llanos fue la tercera selección de los Industriales de Barceloneta en el sorteo de jugadores dejados libres por los equipos de la Federación. Jonathan pertenecía al equipo de Gurabo, donde en la Temporada 2005 bateó para promedio de .292, al conectar 7 hits en 24 turnos al bate en los 9 juegos donde participó. De sus siete hits, seis son sencillos y un doble. No anotó carreras e impulsó tres. No recibió bases por bolas y se ponchó en 4 ocasiones en el total de 24 apariciones al plato.
El 12 de abril de 2006 fue cambiado a los Antesalistas de Cataño por un turno del sorteo de la Temporada 2006.