El martes 20 de enero de 2009 se llevó a cabo el sorteo de profesionales activos y profesionales reinstalados en la Casa Olímpica en San Juan y los Lobos seleccionaron al receptor del equipo de los Indios de Mayaguez, Stephen Morales. Morales participó en doce juegos en la temporada 2008-09 con los Indios del béisbol profesional, acumulando un promedio de .258, cuando conectó ocho hits en 31 turnos oficiales. Conectó 3 dobles, anotó 2 carreras e impulsó igual número. En la temporada 2008 participó en el torneo federativo con el equipo de los Fundadores de Añasco. En ese conjunto jugó en 17 partidos, conectando para promedio de .288 cuando conectó 17 hits en 59 turnos oficiales al bate. Bateó un doble y un cuadrangular, anotando 6 carreras e impulsando cinco. Recibió 6 bases por bolas, de las cuales 3 fueron intencionales. Recibió un pelotazo y se ponchó en 8 ocasiones. Su función principal con el equipo de los Lobos Doble A es la de aportar defensivamente con su veteranía como receptor para ayudar a los lanzadores jóvenes del conjunto de Arecibo. Morales fue canjeado el 25 de febrero a Moca por el lanzador profesional Luis Arroyo.
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